代开组阐发软件_MetDIA怎样用？

导读：代谢组分析软件_MetDIA怎么用？,对于实用DIA模式采集的数据，MetDIA软件可以从多重串联质谱数据中提取目标代谢物的信息。该方法使用数据库中的代谢物作为目标母离...

对付有用DIA模式收罗的数据，MetDIA软件可以从多重串联质谱数据中提取目的代谢物的信息。该要领利用数据库中的代谢物作为目的母离子对代谢物的信息举行提取，该软件除了可以举行以代谢物为中间的化合物的判定外，还可以提代替谢物的离子流图，此中就包罗了代谢物的母离子和子离子的信息，这些信息可用于基于MRM的靶向代谢组学阐发。

安置R3.2.0，然后当地安置MetDIA

#安置xcms和multtest
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("xcms")
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("multtest")

#将mzXML文件放到差别的文件夹中，根名目要放windows.csv，把这些都放进事情名目下

windows.csv中要写明SWATH的详细参数

#加载包
library(MetDIA)
#猎取事情路径
filepath<-getwd()
#提取一级质谱数据并比对数据库，数据库包罗lib.30std/lib.pos/lib.neg，设置peakwidth峰#宽以及sn信噪比
MetDIA(filepath, speclib = lib.30std, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)
# MetDIA(filepath, speclib = lib.pos, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)
# MetDIA(filepath, speclib = lib.neg, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)

#天生了保存时间图

#天生了两个文件夹，分别是过滤前与过滤后的的extracted ion chromatograms (EIC)图

#天生告终果文件

#提取二级质谱数据并比对数据库，数据库包罗lib.30std/lib.pos/lib.neg，设置peakwidth峰#宽以及sn信噪比
MetDIA(filepath, speclib = lib.30std, ms2.quant = TRUE, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)
#MetDIA(filepath, speclib = lib.pos, ms2.quant = TRUE, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)
#MetDIA(filepath, speclib = lib.neg, ms2.quant = TRUE, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)

#天生了一级比对的全部效果，别的天生了二级峰的判定效果

#可以利用本身的数据创建数据库，储存为csv款式。

# 第一列为母离子质荷比

# 第二列为子离子质荷比

# 第三列为保存时间

# 第四列为子离子相对品貌

# 第五列为物质名称

end

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